Cuộc sống tù đày Hà Minh Trí

Sau khi bị bắt, ông bị đưa về Sài Gòn để thẩm vấn. Tuy nhiên, do vỏ bọc tương đối kín, lại hoạt động độc lập, ông chỉ khai là người của Cao Đài, muốn ám sát tổng thống Diệm để trả thù vì chính phủ đã đàn áp đạo Cao Đài, làm cho Hộ pháp Phạm Công Tắc phải chạy qua Nam Vang, trả thù cho tướng Trịnh Minh Thế, người bị cho là chính tổng thống ra lệnh ám sát để trừ hậu họa.

Chính do vỏ bọc này mà sau thời gian thẩm vấn, ông bị giam đặc biệt Sài Gòn với chế độ khá ưu đãi như một tù nhân chính trị đối lập. Vẫn có nhiều cách giải thích không nhất quán cho tình trạng đặc biệt này của ông. Ông bị giam tại Sài Gòn từ tháng 8 năm 1958 đến tận tháng 10 năm 1963 thì bị giải ra Côn Đảo.[3]

Trong thời gian bị giam tại Sài Gòn, ông được nhiều chính khách đối lập với Ngô Đình Diệm khen ngợi. Cựu đô trưởng Trần Văn Hương đã làm một bài thơ tặng ông:

Từng chập luồn sang, giọng thiết tha.Đưa niềm u uất khách phòng xa.Nỉ non tim nghẹn lời yêu nước,Tê tái sầu vương hận mất nhà.Oán dậy ào ào: cây núi đổ,Máu tuôn cuồn cuộn suối ngàn xa.Lặng nghe não nuột người thông cảm,Đồng bệnh cùng thương, lựa trẻ già.[4]